テーマファイルは以下のどこにおいてもいいんですよー！
- Windows フォルダ
- My Document フォルダ
- メモリーカードの直下（フォルダの下は認識しない）
「テーマがでかくて、メモリが圧迫される！」（ごめんなさい）という場合にはメモリカードの直下に入れておきましょう！
あちこちで、Windows フォルダに入れて... と書かれているので
追記
ついでに、一度テーマを設定してしまえば、そのテーマファイルがいなくなってもOKです。（テーマは展開されてWindows フォルダの下に配置されるので）
メモリーカードにおいたテーマを適応した後にメモリーカードを抜いても問題なしです。