WVGAでは縦横画像の異なるテーマを作るのが困難です。
現状では幻律で作成して、幻律で設定すると言うのが唯一の方法といえるでしょう。ということで、幻律で作成した(縦横別画像の)WVGAのテーマをそのまま使うためのツールを作ってみました。
WvgaThemeHelper.cab
使い方
インストールするとショートカットがプログラムと、スタートアップに入ります。1回だけ実行すればOKです。
後は、普通にテーマを設定すればOKです。テーマを変更してOKを押すと、風車が回ります。ちょっと待つこともありますがこれできちんとテーマが設定される...はずです。

注意
もし画像が変わらなかったら、ちょっと画面を回転してみるか、適当なアプリを立ち上げて終了してみてください。
うーん遅いし、どうしようも無いですね。これはそのうち作り方でも書いちゃいましょう。超簡単です。
ということで
とりあえず、サンプルテーマです。 New Theme.tsk ← ほんとにサンプルですわ。
追記
WvgaThemeHelper 1.01 リリース。パフォーマンス向上と自動更新を追加しました。