ご質問をいただきました。
>起動しても何もおこらないのですが。
WVGAのテーマを設定して、壁紙が表示されない状態で、起動すればきちんと壁紙が表示されるようになります。あとはテーマ変更時にきちんと壁紙が表示されるようになるはずです。
>↑にある画像のような表示にならず、通常と同じ画面になります。
リンク先の画像はただのTodayの設定画面です。また「通常と同じ画面」というのはどの画面を指すのでしょうか？
>あと、ＤＬしたファイルをテーマに設定できません。
これは WVGAThemeHelperと関係がありませんね。テーマファイルを正しい場所に置いていないせいではないでしょうか？
テーマファイルの置き場所について
もう少し、何をやってどう動かないか書いていただけると適切な回答ができるのですが。