ATOK for Pocket PC は入力パネルであるSIPと変換エンジンのFEPによる構成になっています。
ATOK for Pocket PC = SIP x4 + FEP
さてさて、実際 Windows Mobile 6 で問題となっているのはFEPではなくSIPです。
ATOK for Pocket PC の問題は、署名付のSIPではないという点。
WM6からは標準のSIPが署名付でない場合、起動時に標準のSIPを読み込む際に、読み込みに失敗し、結果としてそこでフリーズしてしまいます。(この問題を回避するために、起動時にSIPが読み込まれる前に標準SIPをチェックして、ATOKの場合は警告&変更してくれるのが DefSIPChanger )
正常動作
署名付きのSIPならそのまま起動OK

もうひとつの問題は、ATOK for Pocket PC はインストールや設定変更(画面を起動)すると ATOKのSIPを標準のSIP にしてしまうという点。強制です。これが地雷となっている部分です。
ATOK for PocketPC をインストールしたとき
インストールするとSIPが変更される。そのまま再起動するとSIPでNG。そこで、再起動前にSIPを変更して、再起動すればOK

ATOKに署名をつける手も有り余すが、インストーラーを展開して、必要とするDLLを探して、署名をつけて、再度インストールパッケージを作る、必要が有ります。
ATOK for PocketPC をアンインストールするとき
ATOK をアンインストールしようとしてもATOK FEPが使用されているのでそのままではアンインストールできない。いちどATOK FEPなしの状態で起動してやらないといけない。そのためにはATOKを使わない設定をして再起動が必要だ。
ATOK設定画面のの「日本語変換エンジンとしてATOKを使用する」旨のチェックをはずすと、(次回の再起動時にはATOK のFEPはロードされなくなるが) 同時にSIPがATOK SIPに変更される。そのまま起動するとNG。ATOK SIPも外れて問題なし!と思うかもしれないがここが穴である。
そこで、設定後も必ずSIPを変更して再起動する。次の起動時はFEPがロードされていないので、そのままATOKのアンインストールもできる。

ATOK for Windows Mobile の場合
署名付きのSIPなので標準のSIPとして問題なく使うことができる。
定型文パネル以外のSIPは持たず、標準のSIPの変更も行わないので、インストールしてもそのまま使うことが出来ます。
注意
間違っていたらごめんなさい。